V roce 2002 město zasáhla do té doby největší povodeň. Po nepřetržitém dešti v noci z 12. na 13. srpna se průtok v Klabavě z běžných asi 1,5 kubíků vyhoupl až na neuvěřitelných 325 krychlových metrů. Šlo o tisíciletou vodu. Škody dosáhly skoro 40 milionů. Na konci května 2006 pak Rokycany ohrozila další povodeň. Škody ale nakonec byly v součtu asi o 10 milionů nižší. Na přelomu května a června 2013 zasáhly část republiky opět povodně, Rokycansko nevyjímaje.

Rokycany po katastrofě v roce 2002 zahájily přípravu protipovodňových projektů. Jednalo se o opravu zničeného rybníka Borek a výstavbu protipovodňových opatření na Klabavě a Holoubkovském potoce. Zatímco sanace rybníka trvala sedm let, až 19. 2. 2014 byl získaný poslední pozemek, aby mohly začít protipovodňové kroky. Podle informací město zaplatilo za 12 pozemků devět milionů Kč. Projektová dokumentace protipovodňových opatření je od roku 2010 hotová. Náklady na celou stavbu se měly pohybovat kolem půl miliardy. Zhotovit ji nechalo Povodí Vltavy. Zahrnuje navýšení nábřeží, vybudování zemních hrází, vybagrování koryta, zvýšení lávek a podobně. Jenže územní rozhodnutí vzhledem k řešení řady připomínek nenabylo právní moci. „Od doby vzniku už také pro řadu věcí platí nová pravidla. Kvůli nové žádosti o územní rozhodnutí by se celá projektová dokumentace musela aktualizovat. Za město jsme se s Povodím Vltavy shodli, že to – vzhledem k nespokojenosti leckterých občanů s podobou projektu nemá smysl,“ sdělil starosta Václav Kočí. Zastupitelé v červnu schválili, že samy Rokycany nechají zpracovat studii k nové projektové dokumentaci, která by už zohlednila i přání lidí. Včetně většího začlenění řeky do života města namísto izolování ve zdech. Připravuje se vypsání výběrového zřízení na zhotovitele. „Otázkou je, zda už máme potřebné pozemky pro protipovodňová opatření opravdu vykoupené. Obávám se, že nová studie podle požadavků na ní kladených ukáže, že ne,“ konstatoval starosta.